FC Versailles được thành lập vào năm 1989 là kết quả của sự hợp nhất giữa Racing Club Versailles và Versa Sports Sports Versailles.[1] Câu lạc bộ mới đã chiếm vị trí của Racing Club Versailles trong Division 3 và được thi đấu ở khu vực phía Bắc. Mùa giải đầu tiên của FC Versailles không thành công khi họ kết thúc thứ 14, tích lũy được 24 điểm sau 30 trận đấu và bị loại khỏi giải đấu.[2] Thi đấu ở giải hạng 4, họ đã giành được hai vị trí thứ tám liên tiếp trước khi kết thúc ở vị trí thứ sáu trong mùa giải 1992-93. Vào mùa hè năm 1993, Versailles là một trong những câu lạc bộ được chấp nhận vào National 3 mới thành lập. Họ kết thúc mùa giải với 40 điểm, kết thúc với vị trí á quân sau Le Mans Réserve.[3]

Versailles đã vật lộn trong National 2 và bị xuống hạng sau một mùa giải sau khi kết thúc thứ 17 trong bảng. Đội trở lại National 3 và đạt được một vài vị trí giữa bảng trong hai mùa tiếp theo. Versailles đủ điều kiện tham gia Championnat de France amateur 2 bảng B trong mùa giải 1997-98 và kết thúc thứ 13 trong mùa khai mạc của họ. Năm sau, Versailles được chuyển đến bảng H và đội bóng đã hoàn thành thứ 15 trong số 16 đội trong giải đấu, do đó phải chịu sự xuống hạng đến Division d'Honneur Paris Île-de-France.[4] Versailles vẫn ở cùng một bộ phận trong sáu mùa tiếp theo, đạt được vị trí thứ ba cao nhất trong mùa giải 2000-01. Trong mùa giải 2004-05, đội một lần nữa phải xuống hạng sau khi kết thúc cuối bảng với 46 điểm sau 26 trận.[5] Versailles đã chơi ở DSR Paris Île-de-France kể từ mùa giải 200506. Trong mùa giải 2009-10, Versailles đã lọt vào Vòng thứ chín của Coupe de France trước khi thua AS Beauvais Oise. Versailles đã gây ra một cúc sốc khi đánh bại câu lạc bộ Ligue 2 Dijon FCO ở vòng thứ tám.[6]

Sau mùa giải 2009/2010, FC Versailles 78 được thăng hạng lên "Division d'honneur".